Zgodnie z przepisami ustawy, właściwy organ zamierzający zaktualizować opłatę roczną, wypowiada na piśmie wysokość dotychczasowej opłaty, przesyłając równocześnie ofertę przyjęcia jej nowej wysokości. Użytkownik wieczysty może złożyć wniosek do samorządowego kolegium odwoławczego o ustalenie, że aktualizacja opłaty jest nieuzasadniona albo jest uzasadniona w innej wysokości.
Od orzeczenia kolegium organ lub użytkownik wieczysty mogą wnieść sprzeciw, co jest równoznaczne z żądaniem przekazania sprawy do sądu. Stronami postępowania przed sądem powszechnym w przedmiocie aktualizacji opłaty rocznej mogą być wyłącznie właściciel gruntu i użytkownik wieczysty.
Ustawodawca posługuje się pojęciem właściwego organu, zdefiniowanym w art. 4 pkt 9 ustawy o gospodarce nieruchomościami. Na tle tego pojęcia pojawiło się w orzecznictwie wiele kontrowersji, które niejednokrotnie prowadziły do odrzucenia pozwu ze względu na nieusuwalny brak zdolności sądowej jednej ze stron. Przyjmuje się, że jeżeli z treści pozwu wynika, że powód, pomimo błędnego oznaczenia, wytoczył powództwo nie przeciwko właściwemu organowi, lecz przeciwko właścicielowi nieruchomości, to sąd powinien wezwać stronę do uzupełnienia braków formalnych pozwu.
Rzecznik zauważył, że w ustawie należałoby wskazać, że wniosek składa się przeciwko właścicielowi nieruchomości, reprezentowanemu przez właściwy organ w rozumieniu art. 4 pkt 9 ustawy o gospodarce nieruchomościami.
(wystąpienie Rzecznika Praw Obywatelskich z 19 września 2013 r. do Ministerstwa Transportu , Budownictwa i Gospodarki Morskiej, Sygn. RPO/717541/12/IV/401 RZ)