Samo pojęcie „pomocy publicznej” zostało doprecyzowane i w myśl nowelizacji oznacza zwolnienie od podatku dochodowego. Przedsiębiorcy, którym cofnięto zezwolenie, będą mieli obowiązek zwrotu uzyskanych zwolnień podatkowych. Obowiązek ten ma się przedawniać po upływie 10 lat od końca roku, w którym firma skorzystała ze zwolnienia. Tyle samo czasu przedsiębiorcy będą musieli przechowywać dokumentację dotyczącą tych spraw. Przedsiębiorcy do czasu zwrotu pomocy nie będą mogli uzyskać nowego zezwolenia. Ustawa wprowadza też możliwość cofnięcia zezwolenia na prowadzenie działalności w strefie ekonomicznej na wniosek przedsiębiorcy.
Jednocześnie ustawa ogranicza możliwość wystąpienia o wygaszenie zezwolenia wyłącznie do sytuacji, gdy przedsiębiorca przed dniem złożenia wniosku nie korzystał ze zwolnienia podatkowego. Ponadto ustawa przewiduje, że wniosek do ministra gospodarki o zwolnienie z podatku ma być składany w ramach przetargu lub rokowań. Możliwe będzie wcześniejsze złożenie wniosku do ministra gospodarki przez dużego przedsiębiorcę, gdy planuje on nową inwestycję na gruncie nieobjętym strefą. Ponadto ustawa przewiduje, że do rad nadzorczych spółek zarządzających strefami w miejsce przedstawiciela wojewody wejdzie przedstawiciel ministra finansów.
Ponadto ustawa nakłada na spółki zarządzające specjalnymi strefami ekonomicznymi obowiązek współpracy ze szkołami ponadgminazjalnymi i wyższymi. Jej celem ma być dostosowanie oferty edukacyjnej i programów nauczania do potrzeb pracodawców. Ponadto ustawa ujednolica zasady zmiany zezwoleń na działalność w strefie, niezależnie od daty ich wydania.
